La Reserva Pacuare lleva 34 años trabajando en la protección de la tortuga baula (Dermochelys coriacea) y en la recopilación de datos sobre las tendencias de anidación, el estado de la población y la supervivencia de los nidos. En el Caribe centroamericano (incluida la playa de anidación de la Reserva Pacuare), la colonia de tortugas baula es una de las cuatro más grandes que quedan en el mundo junto a Surinam, Gabón y Trinidad (Troëng et al., 2004). El programa de conservación e investigación de tortugas marinas (PCITM) también monitorea a la tortuga carey (Eretmochelys imbricata) y la tortuga verde (Chelonia mydas.)

Los 6 km de costa son recorridos por los asistentes de investigación, voluntarios y grupos de estudiantes todas las noches durante la temporada de anidación y durante la eclosión de los huevos (desde finales de febrero hasta octubre) durante su visita a la reserva. Cada noche, caminan por la playa en tres turnos diferentes desde las 8 p. m. hasta las 4 a. m. para monitorear las tortugas.

Además, durante la mañana se realiza un conteo para comprobar si se necesitan nuevas actividades o si han surgido crías. Los censos se realizan en grupos desde las estaciones de investigación una en el Norte y otra en el Sur.

Los asistentes de investigación se capacitan al comienzo de la temporada con teoría y prácticas para garantizar la recopilación estandarizada de datos. Durante la temporada se realizan diferentes sesiones para comprobar el cumplimiento del protocolo y corregir diferencias entre las estaciones. Los guardias de seguridad también están presentes vigilando los dos extremos de la playa para proteger a las personas y el proceso de anidación.